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SyntaxHighlighter

2011年4月27日水曜日

[PX] Scala 最強伝説

「~最強伝説」というと、Opera だったり、黒魔だったり赤魔だったりするわけですが、いずれにしてもその内実は、嫉妬・羨望・侮蔑・自虐が綯い交ぜになったものであるのが常です。

…ま、意味はよくわかりませんが、XDS の出力した XDS_ASCII.HKL を、Scala で処理してみましたよ、ということです。

波長 1.5 Å での Thaumatin 結晶の回折データを XDS でINTEGRATE・CORRECTし、その XDS_ASCII.HKL を、前回エントリで書いた「pointless」を使った方法でマルチレコードMTZにしました。

それを Scala の「on rotation axis with secondary beam absorption」でスケーリングした統計値が以下になります。
  N 1/d^2 Dmin(A) Rmrg  Rfull   Rcum  Ranom  Nanom    Av_I  SIGMA I/sigma   sd Mn(I/sd)  Nmeas   Nref  Ncent FRCBIAS  Nbias
  1 0.0399  5.01  0.035  0.035  0.035  0.015    802     1915    117  16.4     92  77.0    31741    1313   509    -         0
  2 0.0797  3.54  0.032  0.032  0.033  0.010   1665     3843    203  18.9    177  91.5    58940    2184   519    -         0
  3 0.1196  2.89  0.042  0.042  0.036  0.011   2221     2349    148  15.8    132  75.7    75281    2733   512    -         0
  4 0.1594  2.50  0.066  0.066  0.042  0.016   2672     1205    111  10.8    100  54.4    88125    3194   522    -         0
  5 0.1993  2.24  0.085  0.085  0.048  0.019   3083      966    113   8.5    102  44.7    97705    3597   514    -         0
  6 0.2391  2.05  0.108  0.108  0.055  0.023   3423      791    118   6.7    107  36.3   104587    3934   511    -         0
  7 0.2790  1.89  0.161  0.161  0.062  0.032   3741      538    118   4.6    111  25.9   109812    4259   519    -         0
  8 0.3188  1.77  0.268  0.268  0.071  0.051   4041      319    118   2.7    116  16.1   113646    4551   510    -         0
  9 0.3587  1.67  0.447  0.447  0.082  0.088   4316      209    130   1.6    133   9.9   116315    4824   513    -         0
 10 0.3985  1.58  0.620  0.620  0.089  0.154   4058      145    123   1.2    130   5.6    77988    4458   427    -         0

以前、「XDS + XSCALE」および「iMosflm + Scala」で処理したときの統計値をアップしていましたが、数値で見ても比較しにくいので、グラフにしてみましょう。
びッみょう~~に、「XDS + Scala」が一番低い Rmerge を出してるような気がしますね…

…最大分解能変えて、shelxC/D/E をかけてみますか…

最大分解能CCallの最頻値BestCCallContrast(ori)Contrast(inv)Maxσ(mode)
2.010.50012.920.4020.3762.671
2.111.52213.820.3910.3881.976
2.213.67520.130.7350.4405.068
2.415.54127.250.7370.4358.450
2.617.50030.920.7360.44410.380
2.820.62535.130.7370.44410.442
3.023.61540.440.7380.44310.511
3.226.55931.960.4230.4132.922
3.429.46340.390.6180.4186.601
3.631.62547.380.7430.4368.420
3.834.52438.870.4080.3571.929
4.036.45749.190.5180.4176.022
4.240.47651.530.5040.4143.786
4.443.30449.280.4520.4151.913

と、こんな感じでした。

高分解能の限界は、2.2 Åと上がってはいるんですが、低分解能側の限界が 3.6 ~4.0 Åとちょっとあやふやです。
Try数の多寡の問題があるので、一概に「 XDS + Scala 最強!」とは言えませんが、そこがまた、いかにも「最強伝説」らしいっちゃ、らしいところですねw



永らく続いた [PX] も、とりあえずネタが切れたんで、これで一時休止ですかね。

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